Het mysterie rond het Tunguska incident was opgelost, dus de makers van Secret Files konden met het tweede deel de kant op die ze zelf wilden. De hoofdfiguren uit het eerste game maken ook hun opwachting in de tweede game, net als een aantal side-personages. Twee jaar na de oorspronkelijke game zijn Nina Kalenkov en Max Gruber hun eigen weg gegaan. Terwijl Nina relaxt aan boord van een cruiseschip zit, is Max een Indonesische tempel aan het onderzoeken. Hoewel alles rustig lijkt, is dit absoluut niet zo. Op verschillende plaatsen in de wereld is heftig natuurgeweld uitgebarsten en Nina's vader Vladimir wordt er bij geroepen om uit te zoeken wat er aan de hand is.
Elders in de wereld vindt een priester oude notities waarop de apocalypse wordt voorspeld. Hij wordt geweldadig vermoord, maar kan vlak voor zijn moord de notities afgeven aan een bevriende bisschop. De donkere figuren verantwoordelijk voor de moord op de priester hebben het nu echter ook op de bisschop gemunt. De hoogste tijd dus dat je zelf de macht, in dit geval de notities, in handen neemt.
De point-and-click adventure Secret Files 2 zal in augustus 2008 voor de PC verschijnen. Later zal er ook een Wii- en een DS-versie van de game in de winkels komen te liggen.
