Waar de Xbox 360 en Playstation 3 versie van Pro Evolution Soccer 2009 al lang in de winkels ligt, daar is de Wii-versie nog in ontwikkeling. Deze versie kent net als zijn voorganger innovatieve besturingsmogelijkheden in tegenstelling tot de andere versies. Verder kun je onder andere ook nog je eigen mii in je team zetten. De Wii-versie van Pro Evolution Soccer 2009 ligt 27 maart in de winkels.