Wanneer in Stamford de pleuris uitbreekt en er geen superheld er iets aan doet, besluit de overheid een wet in te voeren die er voor zorgt dat alle superhelden geregistreerd dienen te zijn. Sommige superhelden geven toe aan deze wet, terwijl anderen zich met hand en tand (en sommigen ook met vuur, adamantium, spinneweb en energieschilden) hiertegen verzetten. De in deel één gesmede alliantie wordt hierdoor bruut verbroken en nu staan helden als Wolverine, Iron Man, Spider-Man en Hulk lijnrecht tegenover elkaar. Welke kant van deze burgeroorlog kies jij?
Marvel: Ultimate Alliance 2 komt deze herfst uit op PlayStation 3, Xbox 360, Wii en DS.